Od 1 lutego 2026 r. (dla dużych podatników) i 1 kwietnia 2026 r. (dla pozostałych) obowiązkowy KSeF jest już faktem. Spółki korzystające z tzw. estońskiego CIT stają przed specyficznym wyzwaniem: system e-fakturowania funkcjonuje wyłącznie na gruncie VAT, lecz jego praktyczne konsekwencje sięgają głębiej - do rozliczeń ryczałtem od dochodów spółek. Poniżej wskazujemy trzy obszary, w których oba reżimy wzajemnie na siebie oddziałują.
KSeF i estoński CIT - dwa oddzielne reżimy, jeden wspólny mianownik
Ryczałt od dochodów spółek (art. 28c-28t ustawy o CIT) i KSeF (ustawa o VAT po nowelizacji z 5 sierpnia 2025 r., Dz.U. 2025 poz. 1203) to regulacje z odrębnych ustaw, dotyczące różnych podatków. Wybór tzw. estońskiego CIT nie modyfikuje obowiązków uregulowanych przepisami ustawy o VAT - spółka pozostaje czynnym podatnikiem VAT i wystawia faktury ustrukturyzowane jako podatnik VAT, nie jako podatnik ryczałtu.
Punkt styczny obu systemów ujawnia się przy kwalifikacji wydatków dokumentowanych fakturami KSeF na potrzeby ustalenia podstawy opodatkowania ryczałtem.
Faktura ustrukturyzowana jako dokument kwalifikacji wydatku
W klasycznym CIT faktura pełni funkcję dowodu kosztu podatkowego. W ramach tzw. estońskim CIT nie ma typowej kategorii kosztów uzyskania przychodów - opodatkowaniu ryczałtem podlegają natomiast m.in. wydatki niezwiązane z działalnością gospodarczą (art. 28m ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT) oraz ukryte zyski (art. 28m ust. 1 pkt 2 w zw. z ust. 3 ustawy o CIT). Przepisy nie definiują pojęcia wydatków niezwiązanych z działalnością - granicę wyznaczają interpretacje indywidualne i orzecznictwo sądów administracyjnych.
W tym kontekście faktura KSeF, zawierająca ustrukturyzowany i jednoznaczny opis świadczenia, staje się dokumentem o znaczeniu podatkowym wykraczającym poza VAT. To na jej podstawie organy podatkowe będą weryfikować związek wydatku z działalnością gospodarczą - a brak czytelnego opisu przedmiotu transakcji może skutkować kwalifikacją wydatku jako podlegającego opodatkowaniu ryczałtem. Automatyczne przetwarzanie faktur w wewnętrznych systemach nie zwalnia podatnika z merytorycznej weryfikacji każdego dokumentu zakupowego.
JPK_CIT a obowiązek rejestrowania numeru KSeF w ewidencji
Podatnicy tzw. estońskiego CIT objęci są obowiązkiem raportowania JPK_CIT na zasadach ogólnych. MF potwierdziło w oficjalnym Q&A dotyczącym JPK_PD (pyt. 114), że podatnicy ryczałtu od dochodów spółek przyporządkowują znaczniki kont zgodnie ze słownikami rachunkowymi, z wyjątkiem znaczników PD, a w węźle RPD wykazują wartości “0”. Kategorie klasycznego dochodu podatkowego w tym systemie po prostu nie występują, stąd brak dla nich dedykowanych znaczników podatkowych.
Niezależnie od powyższego, ewidencja JPK_KR_PD wymaga wskazania numeru KSeF dla każdej operacji dokumentowanej fakturą wystawioną w tym systemie. Obowiązek ten dotyczy spółek korzystających z tzw. estońskiego CIT tak samo jak pozostałych podatników CIT. System księgowy musi zatem pobierać i zapisywać numer KSeF z faktury - bez tego ewidencja może zostać uznana za prowadzoną nieprawidłowo, co na gruncie art. 28l ust. 1 pkt 4 lit. b) ustawy o CIT może stanowić przesłankę utraty prawa do ryczałtu.
Faktura poza KSeF a VAT naliczony - konsekwencje dla podstawy ryczałtu
Wbrew obawom części podatników, obowiązkowy KSeF nie zmienił zasad odliczenia podatku naliczonego. Przepis art. 88 ustawy o VAT zawiera zamknięty katalog przesłanek negatywnych - wystawienie faktury poza KSeF wbrew obowiązkowi nie zostało do niego włączone. Nabywca, który otrzyma fakturę w formie papierowej lub elektronicznej (poza systemem), zachowuje prawo do odliczenia VAT na zasadach ogólnych, o ile spełnione są materialne warunki z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT Potwierdziło to KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 12 czerwca 2026 r. sygn. 0114-KDIP1-1.4012.369.2026.1.AWY, wskazując, że konsekwencje wadliwego wystawienia faktury obciążają wyłącznie jej wystawcę.
Dla spółki na tzw. estońskim CIT istotna jest jednak kwestia momentu dokonania odliczenia i ustalenia wartości wydatku. Prawo do odliczenia VAT z faktury wystawionej poza KSeF powstaje w dacie jej faktycznego otrzymania przez nabywcę - nie w dacie nadania numeru KSeF, bo ta faktura go nie posiada (art. 86 ust. 10 w zw. z ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT). Jeżeli kontrahent następnie wystawi tę samą transakcję ponownie w KSeF, nie rodzi to obowiązku korekty wcześniej dokonanego odliczenia. Skutek jest zatem podwójny. Po pierwsze, nieodliczony VAT naliczony powiększa ekonomiczny koszt transakcji. Po drugie, i jest to kwestia nieoczywista, wartość wydatku dla celów ryczałtu ustala się w kwocie brutto, gdy podatnik nie ma prawa do odliczenia VAT. Potwierdził to Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 20 grudnia 2022 r. sygn. 0111-KDIB1-2.4010.689.2022.2, przyjmując, że podstawę opodatkowania ukrytym zyskiem stanowi wartość brutto wydatku. Analogiczne podejście należy stosować do wydatków niezwiązanych z działalnością.
Informacja kancelarii, poza treścią artykułu.
Łączy je rodzaj podatku, a nie zagadnienie opisane powyżej. Interpretacja indywidualna wiąże w sprawie tego, kto o nią wystąpił.
Masz pytanie podatkowe albo spór z urzędem?
Od tego pytania zaczyna się większość rozmów z prawnikiem. Konsultacja jest płatna, 600 zł netto (738 zł brutto). Płacisz za realną poradę: powiemy, czy masz problem prawny, co da się z nim zrobić i ile to mniej więcej kosztuje. Na nic dalej Cię to nie wiąże, a przepisy zostaw nam, od tego jesteśmy.
- 1 Rozmowa
Mówisz, co się dzieje, własnymi słowami.
- 2 Co dalej
Powiemy, jakie masz wyjścia i ile to kosztuje.
- 3 Działamy
Dajesz zielone światło i sprawa jest nasza.
Praktyka obejmuje bieżące doradztwo w zakresie prawa administracyjnego oraz podatkowego. Posiada szerokie doświadczenie w zakresie obsługi postępowań sądowych, administracyjnych, podatkowych oraz sądowo-administracyjnych dotyczących zarówno klientów indywidualnych, jak również podmiotów gospodarczych, w tym także uzyskane w ramach wieloletniej obsługi jednostek samorządu terytorialnego i innych jednostek sektora finansów publicznych.
Zobacz profil →Nie przegap kolejnej analizy
Co miesiąc najważniejsze nowelizacje i ich praktyczne skutki dla biznesu, zebrane i zinterpretowane przez prawników HWW.
